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1.業務技術指導職能:即通常所說的狹義的預防保健職能，鄉鎮防保站的這一職能同縣級衛生防疫、婦幼保健機構一樣是現階段的主要職能。《德州地區鄉鎮防保站管理辦法》(德州行署1990年2月)第二條規定，鄉鎮防保站是“監測、科研、培訓相結合的專業機構”、“是當地預防保健業務技術指導中心”。

明瑰了鄉鎮防保站的技術指導職能，即衛生監督監測管理、傳染病預防、婦幼保健、健康教育、業務培訓、鄉鎮衛生管理、愛國衛生技術指導等工作。根據國家有償服務政策，不斷地擴大服務范圍，如組織開展全民健康查體、職業病體檢、專病門診、衛生監測、消毒殺蟲滅鼠、健康咨詢、防保系列保償等。在“農村實現2000年人人李有衛生保健規劃目標”的12項初級衛生保健指標中，健康教育普及率、安全衛生水平普及率、衛生廁所普及率、食品衛生合格率、嬰兒死亡率、孕產婦死亡率、兒童4苗接種率、法定報告傳染病發病率等8項指標是預防保健土作指標。

2.衛生監，執法職能:隨著國家衛生法制建設的不斷完善，各項衛生工作開始由行政管理逐步走上了法制管理的軌道。近年來，國家頒布實施了《食品衛生法》、《傳染病防治法》、《塵肺病防治條例》、《化妝品衛生監普條例》等，這些衛生法律、法規對衛生防疫機構的監督職能和醫療保健或其他有關機構的管理職能均有著不同的規定，如《傳染病防治法》規定在各級各類醫療保健機構設立傳染病管理檢查員，鄉鎮防保站據此就設立了傳染病管理檢查員，行使《傳染病防治法》賦予的檢查傳染病防治管理工作的職權，在食品衛生監督方面，雖然法定了縣級及以上機構為食品衛生監督機構，但在監督執法實踐中因其執法人員少，監督任務大，衛生監督筱蓋率次較低，甚至根據不能深入到部分鄉鎮、村莊實施衛生監督，這樣就需要增加監督人員加強基層衛生監督。山東、河南等省在鄉鎮衛生機構設立了專職食品衛生監督員，統一監督證件和標志，作為縣、市食品衛生監督機構的派出人員，執行食品衛生監督任務。其他各項衛生監督也正在逐步擴大到鄉鎮防保機構執法。德州、濟寧等地市“鄉鎮防保站管理辦法”中都明確規定了鄉鎮防保站的衛生監督職能。鄉鎮防保衛生監督執法職能的發揮對廣大農村基層增強衛生法制觀念和意識，提高廣大農民生活衛生質量可起到積極的作用。

3.衛生行政，理職能:鄉鎮作為一級基層政權，就要建立健全各個職能部門，行使一級政府各方面的不隋琶。但現階段鄉鎮政府還投有設立衛生助理員，更不可能建立衛生行政管理部門。鄉鎮衛生院是一個衛生業務機構，目前的傳統經營管理體制和管理方法又很難承擔起管理領導、組織協調衛生工作的任務，尤其眾多而繁重的預防保健工作。鄉鎮防保站直接受鄉鎮政府行政領導，承擔著社會預防保健工作，其工作的社會性與群眾性、政策性與法制性極強，這些特點遠遠超過了鄉鎮衛生院的職能。《德州地區鄉鎮防保站管理辦法》明確規定鄉鎮防保站“負責對行政村衛生室……的管理”，授予了鄉鎮防保站一定的管理職權。在各地實踐中，鄉鎮防保站實際上代替鄉鎮政府的主管行政部門完成了上級衛生行政部門布置的有關預防保健行政管理工作。代替鄉鎮政府的主管行政部門管理、督導、檢查行政村衛生組織的工作，行使了相當于鄉鎮政府衛生行政部門或衛生助理員的職能職權。在這種情況下，鄉鎮防護站具有行政管理和事業管理雙重職能作用。實踐證明，鄉鎮防保站的這種職能更加符合我國社會主義初級階段農村衛生事業的發展實際，現階段要完成廣大農村基層的預防保健工作任務，鄉鎮防保站充分發揮一定的衛生行政管理職能非常重要。

綜上所述，鄉鎮防保站在現階段的職能，可以概括為業務技術指導、衛生監督執法，衛生行政管理3大職能。當然，這一分析論述還是較初淺的，更有待于進一步的探索論證。